El Tribunal tiene residencia en la capital y jurisdicción en toda la República, lo integran tres jueces propietarios y tres suplentes que duran seis años en sus cargos y son nombrados por el Consejo de Gobierno. Su estructura orgánica la completan una Actuaría, la Secretaría y la Dirección Administrativa, así como el personal técnico y administrativo que para el cabal cumplimiento de su función sea necesario, personal que está protegido por el Régimen de Servicio Civil. Para su efectivo funcionamiento se divide en dos áreas específicas: Área Sustantiva y Área Administrativa.
Además, por disposición del artículo 43 del Estatuto de Servicio Civil, cuenta con la colaboración técnica de la Dirección General de Servicio Civil, a la cual corresponde realizar el traslado e instrucción del respectivo expediente.